La realtà ferroviaria di Porto Marghera nacque il giorno 12 giugno 1917 quando, per Regio Decreto, venne posta in essere la costituzione della Società Porto Industriale, con Presidente il Conte Giuseppe Volpi.

La Società aveva il compito di realizzare quella che da lì a poco sarebbe divenuta la più grande Zona Industriale del Regno d'Italia.

Sui terreni bonificati della laguna di Venezia infatti, la Società Porto Industriale realizzò una grande opera di Ingegneria Civile, per mezzo della quale creò al suo interno strade, canali navigabili oltre che ferrovie. Queste ultime vennero costruite per prime, in quanto la loro alta capacità di carico ben si addiceva alle necessità di completamento dell'opera.

Con il passare degli anni la Società promosse il trasporto su rotaia ad un livello talmente elevato che praticamente qualsiasi realtà produttiva insediata in Marghera divenne allacciata alla rete ferroviaria nazionale tramite essa.

Gli originari due "rami" costituenti il raccordo base (attualmente Linea Petroli e Linea Enichem) accolsero via via i vari insediamenti industriali che si vennero a creare, prima tra tutti la raffineria IROM.

Alla fine della seconda Guerra Mondiale ci fu bisogno di un'intensa opera di ricostruzione in quanto l'impianto fu in grandissima parte irreparabilmente danneggiato.

La grande spinta produttiva di quegli anni rimise in esercizio in breve tempo tutte le linee e nel contempo portò alla realizzazione di ulteriori allacciamenti e nuovi parchi ferroviari, gli attuali Parco Nuovo e Parco Breda.

La società Porto Industriale, successivamente divenuta Raccordi Ferroviari S.p.a., venne chiusa nel 1973 ed al suo posto creata la ancora attuale Esercizio Raccordi Ferroviari di Porto Marghera SpA. L'azionista di maggioranza all'epoca era la Società Montedison S.p.a., che aveva in Marghera il più grande polo chimico d'Europa.

Negli anni la configurazione è cambiata, entrando nel capitale sociale varie imprese raccordate del raccordo base e, a fine anni duemila, la Autorità Portuale di Venezia.

In particolare nel 2008 la Società incorporò la Servizi Ferroviari Logistici srl, che operava nell’isola portuale di Marghera, divenendo così la società del porto di Venezia affidataria del servizio di interesse generale di manovra portuale. In questo modo la manovra secondaria svolta in ambito industriale ed in ambito portuale, data ormai l’unicità della rete, vennero unificate.

Nel febbraio 2014 la Società, in qualità di Gestore Unico di manovra, ha preso in gestione anche le manovre primarie della Stazione di Venezia Marghera Scalo, prima gestite da RFI.

Dal 1/1/2017 le attività di manovra primaria e manovra secondaria sono state riunite in un unico servizio di Manovra Unica, al fine di migliorare l’efficienza economica e la sicurezza del sistema.

A tal fine la Società, il 27 luglio 2018 ha acquisito dall’ANSF i Certificati di Sicurezza Parte A (IT1120180011) e Parte B (IT1220180018) che rendono ERF Impresa ferroviaria con l’autorizzazione ad operare in manovra a Venezia Marghera Scalo con proprio SGS.

Nell’anno 2017, la Società, che opera in h24, ha movimentato circa 90.000 carri in ingresso e in uscita dal Porto di Venezia.

Attualmente la società è una Società per azioni mista pubblico-privato con il controllo pubblico esercitato dall'Autorità di Sistema Portuale del Mar Adriatico Settentrionale.